Mikrobianalyysiä on kehitetty ja parannettu jatkuvasti sen käyttöönotosta 1970-luvulla. Aluksi sitä käytettiin pääasiassa ympäristönäytteiden havaitsemiseen, ja myöhemmin sitä laajennettiin vähitellen lääketieteen, maatalouden, biotekniikan jne. aloille. Biotekniikan jatkuvan edistymisen myötä mikrobianalyysiä on jatkuvasti uudistettu ja parannettu, ja siitä on tullut tärkeä analyysimenetelmä. .
