Mikrobianalyysiä on kehitetty ja parannettu jatkuvasti sen käyttöönotosta 1970-luvulla. Aluksi mikrobianalyysiä käytettiin pääasiassa ympäristönäytteiden havaitsemiseen, ja myöhemmin se laajeni vähitellen lääketieteen, maatalouden, biotekniikan jne. aloille. Biotekniikan jatkuvan kehittymisen myötä myös mikrobianalyysiä on jatkuvasti uudistettu ja parannettu, ja siitä on tullut tärkeä analyyttinen menetelmä.
